Зачем велосипед изобретать? Можно подсмотреть, как реализовано в других играх. Например, в Арме. Красные, синие, зеленые, гражданские. Что в редакторе, что скриптово можно выставлять отношения. В частности, когда, к примеру, синий враг красным, а красный синим друг (красные стреляют по синим, при обнаружении, а синие - нет). И все это можно менять по ходу миссии.