Сегодня пол-дня потерял - бился над настройками джоя. И пришел к такому выводу - игра лучше (многофункциональней) справляется с настройками чем утилита ThrustMapper.
Единственное что иногда не работают кнопки (джой в порядке) - будем думать что это поправится со временем.