Я как то с чем то похожим сталкивался. Джойстик на дефолт скинулся.
Дело было в том, что на новой винде джойстик получил другой код устройства
Конфиг был назван вроде
Logitech Extreme 3D {8FE394E0-30D9-11e3-8006-444553540000}.diff,
а в новой винде номер в скобках был совсем другой. Переименовал - заработало.