Рефлоу - это процессинг абзацев, чтобы переносов строк лишних не было? Если так, то для маркдауна это не проблема, они там игнорируются.
А процесс далёк от автоматизации, к сожалению, получается только текст выдрать и картинки. А если я начну погружаться в анализ пдфов на питоне, например, то рискую там утонуть навсегда.
UTF-8 навсегда! Да, любой текстовый редактор подойдёт, хотя я там рекомендую маркдаун монстер: с превью удобнее, да и картинки вставлять проще.
Спасибо, надеюсь, да.