Смотря что подразумевается под "лишними" гранями. А вообще , конечно надо удалять , раз они лишние. Булевы операции вообще штука тонкая. Лучше стараться без них обходиться. А если уж очень надо , то лучше не использовать родной максовый Boolean . Ну а после булеана можно использовать разного рода скрипты, которые автоматом удаляют "бесхозные" вертексы.