Спасибо. Кажется, разобрался. Такой досадный эффект возникает при несовпадении разрешения в Windows и в игре.
С некоторых пор использовал DLDSR. В винде стояло нативное разрешение монитора - 1440p, а в DCS выставил 4k. Вот оно и поехало. Если вернуть в игре те же 1440, то и целеуказатель возвращается в центр. Или наоборот и в винде и в игре 4k поставить, но тогда вместе с багом уйдет и ФПС (на дно). =))
Если кому-то интересно, можно пофиксить правкой одного lua, перетащив указатель в центр (или вообще куда угодно). Но тогда проверка целостности не пройдет. =(