На верблюдах))
Отдельной папкой, звуковым архивом, аддоном. Но я тут имею ввиду не миссии, где два звука. А более полноценные миссии в связке или даже кампании. Т.е., чтобы была возможность сторонние файлы выносить отдельно. Особенно, когда они могу от миссии к миссии повторятся.
К тому же, есть в DCS такое понятие как трек, куда тоже все содержимое миссии (и не только) сбрасывается. Не очень рационально получается.