Это, так скажем, "особенность реализации" конкретно джоя MSSFF (Microsoft, иной раз, любит преподносить сюрпрызы по работе со своим же Direct'ом), поэтому специяльно для подобных "шедевров" в файлик "contator.lua" (если не ошибаюсь... или "contator.cfg"... не помню, короче, а подсмотреть щас не где, извиняйте...) была добавлена возможность поменять местами силовые оси джоя X и Y. Эта настройка, как раз, исправляет описываемый казус для MSSFF2.
P.S. И кстати, с перепутанными силовыми осями - а не заметили ли Вы, что силовая нейтраль у Вашего джоя смещена чуть вправо? ;) На самом деле, ненагруженная ручка должна быть отклонена не вправо, а вперёд. А у Вас загрузка по крену - это загрузка по тангажу, и наоборот.