Спасибо!
Правда не особо рабочий костыль. Если убрать эти галочки, то он всё равно удаляет файлы (видимо из за наследования разрешений от корневой папки). А если принудительно запретить удаление, то он почему то не может установить новые файлы, пока не снимешь этот запрет. Но в принципе способ рабочий, сначала скачивает ит распаковывает все файлы, копируешь их в отдельную папку, и дальше можно снимать запреты для продолжения установки.